Сіндзі Ікарі, який до цього не бачився з батьком вісім років, отримує від нього телефонний дзвінок з вимогою негайно прибути до штабквартири NERV. Завданням Сіндзі стає пілотування Єви-01 та робота в команді з пілотом Єви-00 Рей Аянамі.